Rakuten Kobo在早前更新了其iPad版本 Kobo Books APP，只要你有一支Apple Pencil，您可以在閱讀流動格式電子書時，直接用它在頁面上手寫筆記（注意，PDF電子書沒有這功能！）。而這些手寫筆記皆可顯示在支援觸控筆的 Kobo eReader上（暫時只包括Kobo Elipsa或Kobo Sage）。
Kobo這手寫筆記功能是整合了iPad Apple Pencil的色彩調色板在APP內，所以iPad用戶在開啟頁面右下角的觸控筆圖示後，便會見到熟悉的調色板操作介面，亦可以繼續點擊Apple Pencil側身兩下來切換擦膠和筆頭。
由於Kobo尚未有彩色閱讀器，因此用戶在iPad上標記任何顏色也好，在Kobo閱讀器上也只會有不同灰階的顯示。
當你用Apple Pencil在流動格式電子書上手寫註記後，一調整格式，該標記便會消失，但在該標記右側會出現一個「原始標記」圖示，按一下會出現你的手寫註記記錄，你按「Restore」鍵後，便會恢復標記時的格式設置，以及重現你的手寫註記。
這個新功能的添加，令Kobo用戶在iPad上能更直覺地手寫註記，擁有更完整的閱讀體驗。必須注意的是，這功能現階段並未有在iPhone的Kobo Books APP啟用，iPhone用戶不能在流式書上手寫註記，也只能查看在大概位置的註記記錄，不能「Restore」。
這是iPhone14 pro開啟Kobo電子書的畫面。
順帶一提，在Android設備上，Kobo用戶是完全看不到手寫註記的。